国家纳米科学中心纳米加工技术实验室主要功能是针对在物理、化学、生物医学和材料等领域开展纳米研究所需要的各种微纳结构和原型器件进行加工和集成。除传统硅材料外，实验室还具有对尺寸不大于4寸的其它各类衬底材料进行加工的能力。为了加强作为交叉学科研究的纽带和平台的功能，实验室不仅要研究和发展传统加工工艺，而且要开发新型特殊工艺以满足集成工艺和技术的需求，最终满足国家在纳米领域的基础研究和应用基础研究的战略需求。
目前，实验室拥有洁净室面积约400m2，其中百级约100m2，千级约300m2。实验室拥有多台先进微纳加工设备和部分表征仪器，形成一条较为完备的微纳加工线。作为公共平台，为广大用户开放。
主要设备和仪器：
紫外光刻设备
电子束曝光设备
聚焦离子束
PECVD，电子束蒸发镀膜、DC/RF磁控溅射镀膜、RTO/RTP高温炉
高密度等离子体ICP硅刻蚀、金属RIE刻蚀、光刻胶去胶设备
湿法化学处理台
台阶仪、椭圆偏振仪、AFM、光学显微镜、4-探针电阻仪，高分辨扫描电镜
切片机、引线焊接机等。
主要任务和研究：
物理、化学、生物和新材料等领域所涉及的微/纳结构的加工
针对不同材料的新型加工工艺的研究
基于新型微纳系统的交叉研究
微纳系统的集成技术和工艺研究
